As excerpted from the Byzimom blog.

History tells us that in the year 447 AD, the city of Constantinople was ravaged by intermittent earthquakes for a span of about four months time. People were becoming emotionally drained, not only because the earthquakes themselves were difficult to endure, and they made the conditions ideal for a predatory attack by none other than Attila the Hun, one of the most fierce and dreaded warrior invaders of the time.  

Out of desperation, the Emperor Theophilus, the Patriarch Proclus, and all of the people of Constantinople took part in a barefoot procession to beg God for mercy and protection. As they began to pray, the earthquakes suddenly became more violent, and a little boy was taken up into the heavens in the sight of the crowd. They all watched him, suspended in mid-air and understandably, began to cry out, "Lord, have mercy!" When the boy came down to earth, he told the crowd that while he was up in the heavens, he heard the angels singing, "Holy God, Holy Mighty One, Holy Immortal One!"  And then he heard the people shouting, " Lord have mercy!". He told the Emperor that he heard God tell him that he must tell the people to pray to God using these words. As soon as the people began to repeat the words the boy had taught them, the earthquakes stopped, and the boy fell asleep in the Lord. It was Empress Pulcharia, sister of Theophilus, who asked the Patriarch to include this powerful angelic prayer in our Divine Liturgy, and it remains a beloved liturgical hymn to this day.  

It is no wonder that we begin our prayers in this very same way, begging God to stop the earthly movement of our minds and hearts so that, slowly and surely, we may pray in stillness and in peace.

Історія цієї молитви сягає своїм корінням ще часів Cвятих Отців і Вселенських Соборів. Варто зауважити,  що існує два варіанти появи та ґенези цієї молитви: відповідно до візантійської (халкидонської) церковної традиції, та древньосхідної нехалкидонської традиції.  Святитель Іоан Золотоуст пов’язує час появи молитви з часами свого попередника – святого Прокла, арх.Константинопольського (434—447).

Згідно древнього передання, за двадцять днів до Великодня, під час сильно землетрусу, що стався в Константинополі 438-439 рр., коли народ йшов хресними ходами та звершував молебні від цієї біди, якийсь хлопчик, що був у натовпі, був несподівано піднятий до неба, то почув спів ангелів: «Святий Боже, Святий Кріпкий, Святий Безсмертний!». Коли хлопчина опустився на землю та розповів про те, що почув, увесь народ разом із патріархом почали співати Трисвяте, додаючи до почутих слів: помилуй нас! Після цього землетрус припинився.  На знак вдячності до чудесного врятування, імператриця Пульхерія та її брат імператор Феодосій Молодший видали наказ про використання з того часу Трисвятого під час богослужіння, а згодом Халкидонський собор 451 року урочисто підтвердив це рішення.  Так говорить древнє церковне передання.

Sources:

• https://www.bogoslov.kharkov.ua/news/2909